Tako je v njem dozorela misel, da si bo ob vrnitvi v domovino ustvari družino in se posvetil študiju in raziskovanju domovine, da jo bo lahko v sliki in besedi predstavil tujcem. Ko se je leta 1672 vrnil s potovanj, se je 10. julija istega leta poročil z Ano Rozino Graffenweger pl. Graffenau z gradu Slatne blizu Šmartnega pri Litiji.
Zakonca Valvasor sta skupaj kupila gradove Bogenšperk, Črni potok in takrat že podrti Lihtenberk pod Bogenšperkom. Za gospostva sta poravnala le polovico kupnine, dobro polovico pa sta ostala dolžna. S prvo ženo sta imela devet otrok, vendar jih je pet umrlo že zelo zgodaj. Na Bogenšperku je v teh letih, kot posledica Valvasorjevega študija in raziskovanja domovine, zrasla izjemna knjižnica z nekaj tisoč zvezki, in grafična zbirka, ki je obsegala okoli 8.000 grafičnih listov nemških, holadskih, italijanskih in domačih umetnikov. Valvasor je grafično zbirko leta 1685 tematsko uredil in jo dal vezati v 18 zvezkov velikega formata.
Poleg grafičnih listov je zbiral še razne matematične, kartografske in druge instrumente, star denar, arheološke predmete, rudnine, kamenine in druge redke predmete, tako da je na Bogenšperku ustvaril pravzaprav prvi »muzej« na slovenskih tleh, značilen za tedanjo stopnjo zbirateljstva.
